马德里商标国际注册优点：

1、手续简便：仅通过提交一份申请， 可指定在多个国家请求注册保护；

2、费用较低：如顺利注册，国际注册费用远低于分别到每个国家注册的费用；

3、时间预期确定：从国际通知日起，若被指定国在规定的期限内（依照《马德里协定》为12个月，依照《马德里议定书》为18个月）没有向国际局发出驳回通知，大部分情况下该商标将在该指定国自动得到保护（部分国家基于异议的驳回会晚于18个月）；

4、便于管理：一份申请一个国际注册号，一个到期日。后续需要进行变更、转让、续展、删减、注销的，只需要提交一份申请、缴纳一次費用即可。还可以在不改变国际商标注册号（即商标数量）的情况下，利用“后期指定”的方式扩大地城保护范围。

马德里商标国际注册缺点：

1、注册国家的局限性：马德里联盟成员国目前只有100个，加拿大、南美等多数国家目前还不是成员国，无法通过马德里国际注册途径在这些国家取得商标注册；

2、要求以国内申请/注册为基础：国际注册必须以国内商标申请/注册为基础，并且指定保护商品/服务不能超过国内基础的范围；

3、没有统一的注册证书：国际局形式审查通过后颁发国际注册证（也称国际注册证明），但此阶段商标还未经过各指定保护国主管局审查授权，故不能等同于通常所说的注册证，效力仅相当于“受理通知”；同时由于其版面设计简单、无官方鲜章，且随着WIPO电子文档的普及，往往很容易引起申请人误以为其不是官方正式文件；

4、审查标准多样性导致驳回： 由于马德里申请需要国内申请/注册基础， 申请人基于国内已受理或注册的商标进行国际申请后，由于各指定保护国审查标准的多样性易导致驳回，如各国商品描述要求不一致问题，商标描述要求不一致问题（主要是包含汉字的商标），近似判断标准不一致问题等；

5、注册权利的不稳定性：由于国际注册要求以国内申请/注册为基础，5年后才能与原属国的注册脱钩，因此一旦原属国的注册在5年内被撤销，国际注册也随之将被撒销，这一情况又被称为“中心打击原则”：但从实践经验来看，整体上来说，因为“中心打击”原则失效的国际注册比例较低。