商标注册申请通过形式审查后会进入实质审查程序，实质审查是决定申请商标是否获得商标专用权的关键环节，商标局依照《商标法》和《商标法实施条例》的规定，按其申请日期的先后，通过检索、分析、对比，审查其商标注册的合法性，以确定是初步审定还是驳回。

商标实质审查的内容通常可分为两部分，一部分是对申请注册商标的绝对合法性和显著性的审查，一部分是对商标是否与在先权利发生冲突的审查。主要包括以下方面：

（1）申请注册的商标是否违背商标法的禁用条款，即《商标法》第十条、第十一条的规定（比如：中国、红十字、紫光阁、红新月等）；

（2）申请注册的商标是否具有显著性（比如：是否仅有商品本身的通用名称；是否仅直接表示商品的质量、主要原料、功能等特点；其他缺乏显著特征的）；

（3）申请注册的商标是否与他人的在先申请、注册的商标权利发生冲突。