1.申请材料的不同

公司名义：执照、商标图样；

自然人名义：身份证、个体户执照、商标图样。

2.归属权不同

自然人名义申请的商标，归属权属个人所有，享有绝对的使用权和支配权，以后商标转让等都只需要个人同意即可。商标产生的任何收益也都是属于个人所有；

公司名义申请的商标，归属权属于公司，商标产生的收益股东共享，商标后续许可转让需要股东同意。

3.继承权不同

个人拥有的商标，在个人死亡后，继承人可以继承该商标；

公司拥有的商标，在公司注销后，名下的商标只能移转出来给他人使用，无法享有其他的商标专用权。

注册商标无论是个人名义注册还是公司名义注册，通过商标局的流程、费用、周期以及其他合法权益都是相同的。